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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
10/11/2017 |
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Data da última atualização: |
17/04/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SALGADO, L. R.; LIMA, R.; SANTOS, B. F. dos; SHIRAKAWA, K. T.; VILELA, M. de M.; ALMEIDA, N. F.; PEREIRA, R. M.; NEPOMUCENO, A. L.; CHIARI, L. |
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Afiliação: |
LEONARDO RIPPEL SALGADO, Embrapa Beef Cattle, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODOLPHO LIMA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; BRUNO FERREIRA DOS SANTOS, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; KARINA TAMIE SHIRAKAWA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; MARIANE DE MENDONCA VILELA, CNPGC; NALVO FRANCO ALMEIDA, Federal University of Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil; RODRIGO MATHEUS PEREIRA, Federal University of Grande Dourados, Dourados, Mato Grosso do Sul, Brazil; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO; LUCIMARA CHIARI, CNPGC. |
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Título: |
De novo RNA sequencing and analysis of the transcriptome of signalgrass (Urochloa decumbens) roots exposed to aluminum. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Growth Regulation, v. 83, n. 1, p. 157-170, 2017. |
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DOI: |
10.1007/s10725-017-0291-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Acidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives. MenosAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Molecular markers; RNA sequencing; Urochloa genus. |
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Thesagro: |
Brachiaria Decumbens. |
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Thesaurus Nal: |
Aluminum. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/166583/1/De-novo-RNA-sequencing-and-analysis.pdf
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Marc: |
LEADER 02506naa a2200289 a 4500
001 2079489
005 2018-04-17
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520 $aAcidic soils occupy a vast area in the world, and the aluminum (Al) in these soils can directly interact with plant cells and tissues to inhibit their growth and reduce yields. The signalgrass Urochloa decumbens cv. Basilisk (syn. Brachiaria decumbens cv. Basilisk), a widely sown tropical forage grass, is recognized for its high productivity under intensive use, vigorous growth, ease of establishment, and good forage value throughout the year, as well as its exceptional adaptation to infertile acid soils. We sequenced the transcriptome from roots of U. decumbens cv. Basilisk under two conditions, with and without Al, using Illumina paired-end sequencing technology and performed de novo assembly of those reads, which yielded 164,920 transcripts. Of these transcripts, 113,918 were assigned a putative protein function through comparisons with different gene set databases. Additionally, 13,375 simple sequence repeat (SSR) markers were identified. Digital gene expression analyses were conducted to identify 6698 differentially expressed genes between treatments, revealing a great differences in the root transcriptional landscape when exposed to aluminum. An extensive annotation of the differentially expressed genes (DEGs), made possible to identify several transcripts with putative functions correlated to aluminum exposure, most belonging to vesicle transportation, cell wall modifications and metal handling ontologies. In this work, abundant, high-quality transcripts were obtained, providing a reference platform for future biotechnological studies and breeding programs for this species and its close relatives.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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| Registros recuperados : 26 | |
| 1. |  | RAGALZI, C. M.; RESENDE, R. M. S.; VILELA, M. de M.; VENTURA, E. F.; JANK, L. Associação genômica ampla na seleção para apomixia em Panicum maximum jacq. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 11., 2015, Campo Grande, MS. Anais... Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2015. 114 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 213).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 2. | | SANTOS, B. F.; VILELA, M. de M.; CHIARI, L.; LAURA, V. A. Sequenciamento e avaliação da expressão gênica de Urochloa decumbens (Stapf) R.D. Webster sob estresse por alumínio. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 10., 2014, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2014. p. 22-23. 2 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 208). Comissão organizadora: Grácia Maria Soares Rosinha, Alexandra Rocha de Oliveir, Rodrigo Carvalho Alva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 3. | | OLIVEIRA, A. de; VILELA, M. de M.; PANIAGO, B.; VALLE, C. B. do; JUNGMANN, L. Padronização de parâmetros para análise de microssatélites por eletroforese capilar em Brachiaria spp. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 9., 2013, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2013. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 204). Comissão organizadora: Denise Baptaglin Montagner, Grácia Maria Soares Rosinha, Rodrigo Carvalho Alva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 5. | | VENTURA, E. F.; RESENDE, R. M. S.; RAGALZI, C. M.; VILELA, M. de M. Distribuição da variação genética entre e dentro de sub-populações de Brachiaria ruziziensis tetraploide e sua aplicação na seleção direcional. WORKSHOP MELHORAMENTO VEGETAL, 2., 2016, Campo Grande, MS. Contribuições, Avanços e perspectivas para o Cerrado brasileiro. Anais... Campo Grande, MS: SBMP, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 6. | | SOUZA, J. S.; CHIARI, L.; RESENDE, R. M. S.; VILELA, M. de M.; SALGADO, L. R. Development, Validation and Characterization of Genic Microsatellite Markers in Urochloa Species. American Journal of Plant Science, v. 18, n. 3, p. 314-319, July/Sept. 2018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 7. | | CHIARI, L.; VILELA, M. de M.; JANK, L.; FERNANDES, C. D. Identification of a putative gene responsive to the fungus bipolaris maydis in guinea grass. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM OF FORAGE BREEDINGS, 5., 2015, Buenos Aires, Argentina. Anais... Faculdade de Agronomia, Universidade de Buenos Aires, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 8. | | SOUZA, J. S.; CHIARI, L.; VILELA, M. de M.; VALLE, C. B. do. Validação de marcadores microssatélites em Urochloa decumbens e avaliação da transferibilidade para outras espécies deste gênero. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 10., 2014, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2014. p. 56-57. 2 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 208). Comissão organizadora: Grácia Maria Soares Rosinha, Alexandra Rocha de Oliveir, Rodrigo Carvalho Alva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 9. | | RAGALZI, C. de M.; JUNGMANN, L.; RESENDE, R. M. S.; TORRES, F. Z. V.; VILELA, M. de M. Associação genômica ampla na seleção para resistência a Notozulia entreriana em híbridos de brachiaria. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 10. | | SOUZA, J. S.; CHIARI, L.; VILELA, M. de M.; VALLE, C. B. do; BARRIOS, S. C. L. Prospecção de marcadores moleculares ligados à apomixia em Brachiaria decumbens In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 9., 2013, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2013. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 204). Comissão organizadora: Denise Baptaglin Montagner, Grácia Maria Soares Rosinha, Rodrigo Carvalho Alva| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 11. | | RESENDE, R. M. S.; VILELA, M. de M.; CHIARI, L.; MEIRELES, K. G. X.; JANK, L.; VALLE, C. B. do. Seleção genômica no melhoramento de forrageiras. In: AZEVEDO, A. L. S.; PEREIRA, J. F.; MACHADO, J. C. (Ed.). Melhoramento de forrageiras na era genômica. Brasília, DF: Embrapa, 2019. 262 p. il. color| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 12. | | PIRES, L. P.; COLADO, M. L. Z.; VILELA, M. de M.; LEGUIZAMON, G. O. de C.; MEIRELES, K. G. X. Diferenciação molecular de genótipos de Panicum maximum. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 10., 2014, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2014. p. 66-67. 2 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 208). Comissão organizadora: Grácia Maria Soares Rosinha, Alexandra Rocha de Oliveir, Rodrigo Carvalho Alva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 13. | | OLIVEIRA, P. B. DE; VILELA, M. de M.; VALLE, C. B. do; SOUZA, A. P.; JUNGMANN, L. Desenvolvimento e caracterização de marcadores moleculares do tipo microssatélites para Brachiaria decumbens e Brachiaria ruziziensis. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 9., 2013, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2013. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 204). Comissão organizadora: Denise Baptaglin Montagner, Grácia Maria Soares Rosinha, Rodrigo Carvalho Alva .| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 14. | | RAGALZI, C. M.; RESENDE, R. M. S.; TORRES, F. Z. V.; VALLE, C. B. do; LIRA, E. C.; VILELA, M. de M.; LEGUIZAMON, G. O. de C.; ALVES. Associação genômica ampla na seleção para resistência a Notozulia entreriana em híbridos de Brachiaria. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 10., 2014, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2014. p. 26-27. 2 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 208). Comissão organizadora: Grácia Maria Soares Rosinha, Alexandra Rocha de Oliveir, Rodrigo Carvalho Alva.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 15. | | LARA, L. A. de C.; SANTOS, J. P. R. dos; SANTOS, M. F.; CHIARI, L.; VILELA, M. de M.; JANK, L.; GARCIA, A. A. F. Predictive ability of G-Blup model in a tetraploid sexual population of Panicum maximum. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro. Maringá, PR: SBMP, 2017. p. 93| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 16. | | VENTURA, E. F.; RAGALZI, C. M.; RESENDE, R. M. S.; TORRES, F. Z. V.; VILELA, M. de M.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do. Seleção genômica ampla para resistência a Notozulia entreriana e modo de reprodução em Brachiaria. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 11., 2015, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 17. | | SALGADO, L. R.; LIMA, R.; SANTOS, B. F. dos; SHIRAKAWA, K. T.; VILELA, M. de M.; ALMEIDA, N. F.; PEREIRA, R. M.; NEPOMUCENO, A. L.; CHIARI, L. De novo RNA sequencing and analysis of the transcriptome of signalgrass (Urochloa decumbens) roots exposed to aluminum. Plant Growth Regulation, v. 83, n. 1, p. 157-170, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 18. | | DÉO, T. G.; CHIARI, L.; VILELA, M. de M.; SANTOS, M. F.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; JANK, L. Validação de um gene candidato ligado à apomixia em uma população segregante de Brachiaria decumbens. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro: resumos das palestras. p. 635| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | LARA, L. A. de C.; SANTOS, M. F.; JANK, L.; CHIARI, L.; VILELA, M. de M.; AMADEU, R. R.; SANTOS, J. P. R. dos; SILVA, F. G. da; ZENG, Z.-B.; GARCIA, A. A. F. Genomic Selection with Allele Dosage in Panicum maximum Jacq. G3: Genes|Genomes|Genetics, v. 9, p. 2463-2475, August 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 20. | | LARA, L. A. de C.; CAVALCANTE, D. N. C.; DÉO, T. G.; SANTOS, M. F.; CHIARI, L.; JANK, L.; VILELA, M. de M.; ZENG, Z. B.; GARCIA, A. A. F. Genotipagem por sequenciamento e dosagem alélica em Panicum maximum. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 12., 2016, Campo Grande, MS. p. 54-55.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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